POC - Mapping CDA to FHIR - version de développement local (intégration continue v0.1.0) construite par les outils de publication FHIR (HL7® FHIR® Standard). Voir le répertoire des versions publiées

Guide de démarrage

Guide de démarrage rapide (Quick Start)

Ce guide vous permet de tester rapidement la transformation de documents CDA vers FHIR en utilisant matchbox et les exemples fournis.

Prérequis

• Docker installé sur votre machine
• Un client REST (ex: VS Code avec l'extension REST Client, IntelliJ IDEA, ou curl)
• Accès au repository IG-mapping-cda-fhir

Étape 1 : Télécharger l'image Docker matchbox

docker pull europe-west6-docker.pkg.dev/ahdis-ch/ahdis/matchbox:v4.0.12

Étape 2 : Lancer le conteneur Docker

Important : Adaptez le chemin selon votre installation locale. Le chemin doit pointer vers le dossier input/with-all de votre projet.

docker run -d --name matchbox -p 8080:8080 \
  -v /chemin/absolu/vers/IG-mapping-cda-fhir/input/with-all:/config \
  europe-west6-docker.pkg.dev/ahdis-ch/ahdis/matchbox:v4.0.12

Ou utilisez le script de démarrage automatique :

./start-matchbox.sh

Étape 3 : Vérifier le démarrage

Pour suivre les logs de matchbox :

docker logs --follow matchbox

Attendez que matchbox ait terminé son démarrage. L'interface sera accessible sur : http://localhost:8080/matchbox

Étape 4 : Importer les ConceptMap et StructureMap puis lancer les transformations

Les fichiers HTTP de test se trouvent dans le dossier http-test/. Utilisez le fichier fr_cdatofhir_mde.http avec votre client REST.

Avec VS Code et l'extension REST Client :

1. Ouvrez le fichier http-test/fr_cdatofhir_mde.http
2. Exécutez séquentiellement les requêtes HTTP dans l'ordre suivant :
   • Requête 0 : Charger ConceptMap-cm-v3-administrative-gender.json
   • Requête 1 : Charger CDAtoFHIRTypes.fml
   • Requête 2 : Charger CdaToBundle.fml
   • Requête 3 : Charger CDAFrToBundle.fml
   • Requête 4 : Charger CDAFrMDEToBundle.fml
   • Requête 5 : Transformer CSE-MDE_2023.01.xml (sortie JSON)
3. Cliquez sur "Send Request" au-dessus de chaque requête

Avec curl (exemple complet) :

# 1. Charger les ConceptMaps nécessaires
curl -X POST http://localhost:8080/matchbox/fhir/ConceptMap \
  -H "Content-Type: application/fhir+json" \
  --data-binary @input/resources/ConceptMap-cm-v3-administrative-gender.json

# 2. Charger les StructureMaps dans l'ordre
curl -X POST http://localhost:8080/matchbox/fhir/StructureMap \
  -H "Accept: application/fhir+xml;fhirVersion=4.0" \
  -H "Content-Type: text/fhir-mapping" \
  --data-binary @input/fml/CDAtoFHIRTypes.fml

curl -X POST http://localhost:8080/matchbox/fhir/StructureMap \
  -H "Accept: application/fhir+xml;fhirVersion=4.0" \
  -H "Content-Type: text/fhir-mapping" \
  --data-binary @input/fml/CdaToBundle.fml

curl -X POST http://localhost:8080/matchbox/fhir/StructureMap \
  -H "Accept: application/fhir+xml;fhirVersion=4.0" \
  -H "Content-Type: text/fhir-mapping" \
  --data-binary @input/fml/CDAFrToBundle.fml

curl -X POST http://localhost:8080/matchbox/fhir/StructureMap \
  -H "Accept: application/fhir+xml;fhirVersion=4.0" \
  -H "Content-Type: text/fhir-mapping" \
  --data-binary @input/fml/CDAFrMDEToBundle.fml

# 3. Transformer un document CDA
curl -X POST "http://localhost:8080/matchbox/fhir/StructureMap/\$transform?source=https://interop.esante.gouv.fr/ig/fhir/mappingcdafhir/StructureMap/CdaFrMDEToBundle" \
  -H "Accept: application/fhir+json;fhirVersion=4.0" \
  -H "Content-Type: application/fhir+xml;fhirVersion=4.0" \
  --data-binary @input/attachments/CSE-MDE_2023.01.xml

Exemple CDA disponible

Le dossier input/attachments/ contient un exemple de document CDA français :

• CSE-MDE_2023.01.xml : Carnet de santé de l'enfant - Mesures (3 observations : Poids, Taille, Périmètre crânien)

Résultat attendu

Si la transformation réussit, vous obtiendrez un Bundle FHIR contenant les ressources converties depuis le document CDA.

Note importante : Il peut y avoir des erreurs dans les fichiers FML lors de la transformation. L'objectif de ce POC est de valider le processus de transformation. Les erreurs dans les mappings seront traitées ultérieurement.

Résultats des transformations

Les transformations CDA-FHIR ont été exécutées avec les résultats suivants :

Transformation réussie

Détails de la transformation :

Document CSE-MDE (Carnet de Santé de l'Enfant - Mesures) :

• StructureMap utilisé : CdaFrMDEToBundle - Mapping spécifique pour le contexte français
• Imports : Utilise CdaToFHIRTypes, CdaToBundle et CdaFrToBundle
• Ressources générées (11 au total) :
  • 1 Composition (métadonnées du document)
  • 1 Patient (avec identifiant INS-NIR, nom, genre, date de naissance)
  • 1 Encounter (contexte de la rencontre)
  • 1 Location (lieu de la consultation)
  • 2 Practitioner (praticiens impliqués)
  • 2 Organization (organisations de santé)
  • 3 Observations :
    • Poids (29463-7) = 3900 g
    • Taille (8302-2) = 52 cm
    • Périmètre crânien (8287-5) = 35 cm

Architecture du mapping CdaFrMDEToBundle

Le mapping CdaFrMDEToBundle.fml est un mapping spécialisé pour les documents CSE-MDE français qui combine :

Architecture du mapping :

• Imports : Utilise les mappings de base (CdaToFHIRTypes, CdaToBundle, CdaFrToBundle)
• Réutilisation : Exploite les fonctions existantes pour Patient, Composition, Encounter, Location, etc.
• Navigation personnalisée : Implémente une navigation spécifique pour extraire les observations imbriquées dans les organizers
• Traitement complet : Gère toutes les ressources nécessaires pour un document CSE-MDE

Résultats obtenus :

• ✅ Génération du Bundle FHIR avec structure document complète
• ✅ Transformation du Patient avec identifiant INS-NIR, nom, genre, date de naissance
• ✅ Création de la Composition avec métadonnées et sections
• ✅ Génération automatique des ressources contextuelles (Encounter, Location, Practitioner, Organization)
• ✅ Extraction des Observations depuis organizer > component > observation
• ✅ Transformation des codes LOINC et valeurs quantitatives avec unités

Exemple d'Observation générée :

{
  "resourceType": "Observation",
  "status": "final",
  "category": [{
    "coding": [{
      "system": "http://terminology.hl7.org/CodeSystem/observation-category",
      "code": "vital-signs"
    }]
  }],
  "code": {
    "coding": [{
      "system": "http://loinc.org",
      "code": "29463-7",
      "display": "Poids"
    }]
  },
  "subject": {
    "reference": "urn:uuid:..."
  },
  "effectiveDateTime": "2023-01-06",
  "valueQuantity": {
    "value": 3900,
    "unit": "g",
    "system": "http://unitsofmeasure.org",
    "code": "g"
  }
}

Arrêter et redémarrer

Pour arrêter le conteneur :

docker stop matchbox

Pour redémarrer :

docker start matchbox

Pour supprimer le conteneur (et repartir de zéro) :

docker rm -f matchbox

Configuration avancée

Le fichier input/with-all/application.yaml configure matchbox avec :

• Les packages FHIR de base (R4 core, terminologies, extensions)
• Le package CDA (hl7.cda.uv.core)
• Le package ANS FHIR EDS

Pour modifier la configuration, éditez application.yaml puis supprimez et recréez le conteneur Docker.

Merci à Oliver Egger (Ahdis, HL7 Suisse) qui a travaillé sur la première brique sur laquelle repose ces travaux et sur l'outil matchbox permettant d'effectuer la transformation. https://github.com/hl7ch/cda-fhir-maps